その一方、炭治郎と禰豆子の兄妹、我妻善逸（あがつま・ぜんいつ）の3人の柄については商標登録することができないことを伝える「拒絶理由通知書」が5月26日付けで特許庁から出されていた。

特許庁は炭治郎の柄を商標登録できない理由について「いわゆる『市松模様』の一種と理解されるもの」と説明。これに対して集英社は意見書を7月6日に提出。「構成要素には、正方形だけではなく長方形も含まれている」「黒い枠線で囲まれている」という理由から「装飾的な地模様」に該当しないとして、商標登録を認めるように求めていた。

しかし9月17日、特許庁は以下のような理由から「拒絶査定」を出した。

「本願商標は、黒色と緑色の正方形を互い違いに並べ、連続反復的に配置した構成からなる、いわゆる「市松模様」の一種と理解されるものであって、自他商品の識別機能を果たすべき特徴的な部分を見出すことができない」

「正方形の商標の縁に黒線が見受けられますが、該黒線は、外側に余白がないため、一見しては、認識しがたいものとなっています」